文件名称：MONTI:MONTI是用于分析大型多组学癌症队列数据的工具
文件大小：648KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-07 11:37:10
multi-omics Python
MONTI：用于大型癌症人群综合分析的多组非负张量分解框架 经常测量多组学数据以表征表型的生物学机制。如果提取了多组学数据中的复杂关系，则可以根据表型对患者样品进行更准确的分类。 MONTI（用于综合分析的多组非负张量分解）是一种可用于集成和分析大量多组学数据的工具。 MONTI识别特定于一组具有共同生物学特征的样本所特有的基因调控多组学特征。 下图说明了MONTI的分析工作流程。 MONTI的输出是一个简单的基因列表，其中包含其相关亚型的信息，可用于进一步的下游分析。例如，下面的维恩图显示了与大肠癌亚型CMS1，CMS2，CMS3和CMS4相关的基因。如t-SNE图所示，这些基因在分离四种亚型方面显示出信息性。 安装MONTI 先决条件 需要Python版本> = 3.6 以下python模块是必需的，可以手动安装或使用install_monti.py脚本安装 tensorly ，
【文件预览】：
MONTI-main
----bin()
--------drawplots.py(6KB)
--------decompose_tensor.py(1KB)
--------utils.py(3KB)
--------install_monti.py(580B)
--------geneselection.py(3KB)
--------samp_to_mat.py(3KB)
--------featureselection.py(4KB)
--------monti.py(999B)
--------survival_mod.py(2KB)
--------arg_parser.py(3KB)
----images()
--------coad_result.jpg(125KB)
--------monti_outputexample.png(325KB)
--------monti_workflow.jpg(223KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(5KB)