文件名称：matlab代码不反应-CRISPR-TN5:用于CRISPR介导的基因组编辑无偏测序的分析代码
文件大小：319KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 07:43:31
系统开源
matlab代码不ReactCRISPR-TN5 使用Illumina Nextera表征由CRISPR基因编辑引起的复杂基因组改变的代码。 代码是在MATLAB中提供的，并且应在多个操作系统上运行，但只能在Windows上进行测试。 我们用于制备文库，但纯化的Tn5也可以使用。 请参阅扩展数据图（尚未发布）以查看优化协议的详细信息。 目的 提供该代码是为了确保已发布报告的可重复性（插入链接-尚未发布）。 这并不是要用作研究工具，但是如果您使用它并有疑问，请不要犹豫，我会尽力回答。 该代码分析了双核酸酶（例如CRISPR）的基因组编辑结果，以靶向删除DNA区域。 分析还包括两个AAV矢量基因组可以查询有意或无意的靶向整合的空间（请参阅参数文件）。 图1-多重基因组编辑的可能结果 基于Tn5的浓缩如何工作 图2-用于基因组编辑分析的Nextera富集概述 代码如何工作 图3-代码工作原理概述 在.fastq或.fastq.gz中读入fastq文件 删除错误的事件 Bin读为以下内容之一： 完整的未编辑等位基因 因德尔 有针对性的删除 AAV载体基因组整合 有针对性的反演 其他（神秘）-然
【文件预览】：
CRISPR-TN5-master
----pargRNA1.dat(11KB)
----images()
--------Nextera_Fig3.png(69KB)
--------readme(11B)
--------Nextera_Fig1.png(22KB)
--------Nextera_Fig2.png(56KB)
----pargRNA2.dat(11KB)
----CRISPR_TN5.m(18KB)
----README.md(4KB)
----AAV_Plot.m(3KB)
----exampledata()
--------EX_READ2_truncated.fastq(308KB)
--------directory(26B)
--------EX_READ1_truncated.fastq(307KB)