文件名称：IntegrativeAnalysis:用于整合基因组数据分析的R代码
文件大小：1.05MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-21 18:01:59
R
该存储库包含源代码，示例R脚本和示例数据集，以实现M. Denis和MG Tadesse在生物信息学论文“用于综合基因组分析的层次模型的评估”中提出的综合基因组模型。 R代码： MainFunction.R-集成模型的主要功能，允许CNV甲基化缔合 MainFunction-noCNVmethyl.R-无CNV甲基化关联的集成模型的主要功能 UtilFunctions.R-定义在主函数中调用的“回归”函数 call.R-在演示数据集上运行集成模型的示例脚本 示例数据集： CNV.csv-CNV数据矩阵 methy.csv-甲基化数据矩阵 Gene.csv-基因表达数据的矩阵 Gene_CNV.csv-CNV标记及其映射到的基因的标识符及其功能网络 Gene_Methy.csv-甲基化标记以及它们映射到的基因的标识符及其功能网络 Gene_Pathway.csv-基因标识符和相关的功能
【文件预览】：
IntegrativeAnalysis-master
----UtilFunctions.R(3KB)
----Gene.csv(158KB)
----MainFunction.R(20KB)
----CNV.csv(1.72MB)
----call.R(2KB)
----methy.csv(536KB)
----Gene_CNV.csv(13KB)
----README.md(1KB)
----MainFunction-noCNVmethyl.R(16KB)
----Gene_Pathway.csv(532B)
----Y.csv(16KB)
----Gene_Methy.csv(3KB)