文件名称：fgwas:功能基因组学和全基因组关联研究
文件大小：5.94MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-19 03:41:37
C++
fgwas fgwas是用于将功能基因组信息整合到全基因组关联研究（GWAS）中的命令行工具。 基本设置如下：您已经执行了GWAS或许多GWAS的荟萃分析，并确定了数十个影响疾病或性状的基因座（如果至少有20个独立的p-位点，我们的方法效果最好。值小于5e-8）。 我们着手解决以下问题： 这些关联是否在基因组的特定区域类型（编码外显子，DNAse超敏位点等）中得到了丰富？ 我们是否可以使用这些扩增（如果存在）来鉴定影响该性状的新基因座？ 基本模型在以下文章中进行了描述：Pickrell JK（2014）。 bioRxiv 10.1101 / 000752 本文中使用的注释可。 ＃＃安装＃＃ ### Dependencies ### fg取决于： ###快速入门###最新版本是：版本0.3.6。 请参阅上面的 。 在以上链接中下载了fgwas-0.3.3.tar.gz之后，运行
【文件预览】：
fgwas-master
----Makefile.am(119B)
----.gitignore(153B)
----Makefile.in(24KB)
----stamp-h1(23B)
----configure(175KB)
----compile(7KB)
----src()
--------Makefile.am(343B)
--------Makefile.in(18KB)
--------fgwas_params.cpp(2KB)
--------SNPs.h(3KB)
--------CmdLine.h(7KB)
--------SNP.cpp(5KB)
--------CmdLine.cpp(7KB)
--------test.cpp(2KB)
--------gzstream.cpp(5KB)
--------Chromosome.cpp(162B)
--------SNPs.cpp(56KB)
--------SNP.h(2KB)
--------fgwas.cpp(8KB)
--------Chromosome.h(269B)
--------gzstream.h(4KB)
--------fgwas_params.h(1KB)
----config.h.in(1002B)
----LICENSE(18KB)
----configure.ac(600B)
----config.h(1KB)
----depcomp(23KB)
----man()
--------fgwas_manual.tex(16KB)
--------genres.bst(22KB)
--------genres.sty(2KB)
--------fgwas_manual.pdf(146KB)
----install-sh(14KB)
----missing(7KB)
----README.md(2KB)
----test_data()
--------test_LDL.fgwas_in.gz(5.65MB)
----m4_ax_boost_base.m4.m4(10KB)
----aclocal.m4(41KB)