【文件属性】：
文件名称：random-sample-by-ppm:根据位置概率矩阵随机采样基因组位置
文件大小：7KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-24 09:20:23
Python
ppm随机抽样
根据位置概率矩阵随机采样基因组位置。
默认情况下，随机选择一个基因组链。 还包括用于根据观察到的图案来计算PPM的脚本。
假设基序和PPM对应于Gilbert等人报道的核酸内切酶切割位点。 2005（ ）。
用法
首先，根据一组观察到的图案创建位置概率矩阵。 默认情况下，将pseduo计数总计为1（“ A”，“ C”，“ G”，“ G”每个0.25）
python create-ppm.py --in Gilbert-L1-targetsite.PMID16107723.txt \
--out Gilbert-L1.ppm.txt --pseduo 1
接下来，创建所需数量的随机样本集（--n_sets），每个样本集由所需数量的随机样本（--n_per_set）组成。 请注意，基因组的序列已读入内存，因此请确保您的计算机具有足够的可用RAM。 输出的前三列将作为床
【文件预览】：
random-sample-by-ppm-master
----.gitignore(35B)
----sample-based-on-ppm.py(3KB)
----Gilbert-L1.ppm.txt(147B)
----Gilbert-L1-targetsite.PMID16107723.txt(594B)
----sampleutils.py(8KB)
----README.md(1KB)
----create-ppm.py(4KB)