【文件属性】:
文件名称:AC-DIAMOND:AC-DIAMOND是DNA-蛋白质比对工具
文件大小:7MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-05-08 19:44:09
C
介绍
AC-DIAMOND试图通过更好的SIMD并行化和压缩索引来加快速度。 实验结果表明,AC-DIAMOND在对齐DNA读数或重叠群时比DIAMOND快6〜7倍,同时保持了基本相似的灵敏度。 AC-DIAMOND是基于DIAMOND v0.7.9开发的。
安装
下载源代码并获取AC-DIAMOND-master.zip
解压缩文件:解压AC-DIAMOND-master.zip
cd AC-DIAMOND-master / src /
安装增强:./ install-boost
编译源代码:make
cd ../bin/,找到AC-DIAMOND的二进制代码
入门
构建索引:./ac-diamond makedb --in nr.fa -d nr
align:./ac-diamond align -d nr -q query.fa -a匹配-t <临时目录>
以对齐格式查