文件名称：RNA@:RNA注释工具-开源
文件大小：51.24MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-08-29 17:41:46
开源软件
RNA@ 是一种基于轻型 Aho-Corasick 算法的原核生物 RNA 注释工具。 算法原理是将核苷酸序列的数据集编码到有限状态机中，该机能够在基因组的单次读取中识别基因组中每个核苷酸序列的每次出现。 作为核苷酸序列数据集，RNA@使用了存放在NCBI中的大约300,000个RNA的集合。 这些 RNA 是从大约 25,000 个完整的保藏基因组中自动收集的。 您将在 https://drive.google.com/file/d/1lEj5SSHpQSv54nOroxBcS_jvLFRIKNmm/view?usp=sharing" 中找到由 RNA@ 重新注释的 30,558 个古细菌和细菌基因组的 RNA（所有古细菌和细菌基因组标记为2021 年 6 月 6 日 NCBI 日保藏的基因组中的“完整基因组”或“染色体”。您也可以在 http://rnaat.ufpa.br 下载数据库的最新版本
【文件预览】：
clean-rnaat
rnaat.bat
lib2
----rnaat.jar(159KB)
----commons-text-1.8.jar(202KB)
rnaat-update
RNA-UserGuide.odt
install-rnat
rnaat-update.bat
rnaat-ui.bat
rnaat.d
----html()
--------rnaat.html(5KB)
--------img()
--------app.js(374B)
--------processar.php(2KB)
--------style.css(4KB)
----rnaat-ui(117B)
----rnaat(115B)
README.txt
rnaat-expe
data
----config()
----logo.png(80KB)
----bd()
--------tRNA.fasta(23.18MB)
--------rRNA.fasta(259.3MB)
--------mRNA.fasta(2.93MB)
--------ncRNA.fasta(8.8MB)
--------misc_RNA.fasta(3.3MB)
--------tmRNA.fasta(3.22MB)
----result()
--------result.css(2KB)
install-rnat-as-webservice
rnaat-ui
workspace-example
----archaeal-trnas.fa(321KB)
----expe.txt(671B)
----ERR2348864.fasta(4.5MB)
----GCA_003203655.1_ASM320365v1_rna_from_genomic.fna(40KB)
rnaat-expe.bat
rnaat