文件名称：MicrobialGenomicsScripts:选择短脚本分析微生物基因组
文件大小：16KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-30 12:31:51
Python
微生物基因组学脚本 选择（非常）简短的脚本来分析微生物基因组。 我已经创建了这个存储库，作为存储和共享任何有用的脚本来分析微生物基因组的地方。 ＃＃＃用法： calc_coverage_breadth.py 计算映射到一组区域（可能是基因）的读段数，覆盖范围和读段覆盖范围。 这样称呼： python count_reads.py genes.pos example.sorted.bam 200 其中genes.pos是一个格式如下的文件： 14_0903_02_20cm_scaffold_13826 7320 7544 14_0903_02_20cm_scaffold_5262 27 1703 14_0903_02_20cm_scaffold_5308 3879 5147 14_0903_02_20cm_scaffold_5308 5156 5650 gc_window.py
【文件预览】：
MicrobialGenomicsScripts-master
----random_forest.py(860B)
----filter_contigs.py(267B)
----filter_contigs_by_blastp.py(1KB)
----calc_coverage_breadth.py(844B)
----gc_window.py(710B)
----get_genomes.py(428B)
----isoelectric.py(258B)
----concat_alignments.py(569B)
----codon_freq.py(2KB)
----LICENSE(18KB)
----translate_all_frames.py(1KB)
----simulate_assembly.py(770B)
----README.md(3KB)
----top_10_contigs.py(527B)
----batchRandomSequences.pl(2KB)