文件名称：BugBuilder:免提微生物基因组组装
文件大小：2.27MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 01:04:11
Perl
BugBuilder的 免提微生物基因组组装 BugBuilder是一个管道，可帮助从高通量测序数据组装和注释数据库提交就绪，草稿质量的微生物基因组。 它利用一系列现有工具来生成带注释的基因组组装（可选地与参考基因组对接），输出描述已组装重叠群的EMBL格式记录，以及描述支架的AGP v2文件。 必需的输入是来自配对末端测序运行片段的fastq格式读取，以及可选的fasta格式的参考基因组序列。 BugBuilder在Perl中实现，并根据Artistic License v2.0分发 安装 可从获取使用免费重新分发的先决条件软件包预先配置的虚拟机映像 可以通过运行以下命令下载该软件的最新版本： git clone git://github.com/jamesabbott/BugBuilder/ 完整的安装和配置说明可在用户指南中找到，该指南可从获得，或者如果您已安装了乳胶，则可获取
【文件预览】：
BugBuilder-master
----BUGS(219B)
----.gitignore(28B)
----src()
--------find-tandem.patch(28B)
--------sam2afg.patch(56B)
----etc()
--------BugBuilder.yaml(9KB)
--------package_info.yaml(15KB)
--------celera_454_IonTorrent.spec(1KB)
--------PBcR_MinION.spec(1KB)
--------gfinisher_config.tmpl(2KB)
--------masurca_config.tmpl(300B)
--------PBcR_PacBio.spec(464B)
--------circleator.cfg.tmpl(1KB)
--------celera_long_illumina.spec(1020B)
----bin()
--------run_PBcR(4KB)
--------add_iprscan_to_prokka.pl(4KB)
--------run_pilon_var(2KB)
--------run_pilon(4KB)
--------run_celera(4KB)
--------run_abyss-sealer(4KB)
--------download_sample_data(11KB)
--------run_gfinisher(4KB)
--------run_canu(3KB)
--------check_config.pl(4KB)
--------configure.pl(26KB)
--------run_abyss(3KB)
--------run_gapfiller(4KB)
--------run_sis(6KB)
--------clean_draft_assembly(2KB)
--------BugBuilder(135KB)
--------run_mauve(4KB)
--------run_minimus(3KB)
--------samtoafg(4KB)
--------get_prokka_proteins.pl(1KB)
--------run_masurca(5KB)
--------run_sspace(3KB)
--------clean_vm_for_release(1KB)
----CONTRIBUTORS(82B)
----TODO(455B)
----LICENSE(8KB)
----doc()
--------images()
--------vm_starting.png(112KB)
--------vm_shutdown.png(131KB)
--------build.sh(472B)
--------BugBuilder_User_Guide.tex(76KB)
----CHANGELOG.md(2KB)
----README.md(1KB)
----lib()
--------BugBuilder()