文件名称：matlab改变代码字体-fastman:R包，可直接从PLINK输出文件中使用QQ和Manhattan绘图快速高效地可视化GWAS结果
文件大小：1.09MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 11:42:18
系统开源
matlab更改代码字体快人 描述 一个R包，可直接从PLINK输出文件中使用QQ和Manhattan绘图快速高效地可视化GWAS结果。 快速：与qqman相比，大大减少了情节生成的时间。 在一个典型的估算的PLINK assoc文件中，该文件包含1000万个SNP，绘图时间从qqman中的737s减少到60s。 高效：优化的内存管理 多功能：可以处理从p值，p值的对数到FST分数的各种输入。 与其他全基因组群体遗传参数（例如FST，pi和D统计数据）兼容的绘图。 允许双面得分，例如带有负值的得分。 非模型友好：对非模型生物（通常具有数百个重叠群或许多支架）的基因组，字母顺序和其他排序选项的结果的额外支持。 注释和突出显示通用性：具有多种选项，可自定义感兴趣的注释和突出显示SNP。 熟悉：与qqman相比，具有一组非常相似的输入参数和代码结构。 职能： 1.快人 描述 直接从PLINK assoc输出（或具有染色体，位置和p值的任何数据框）直接创建曼哈顿图。 用法 fastman (m, chr = "CHR", bp = "BP", p = "P", snp, chrlabs, sp
【文件预览】：
fastman-main
----gene.annotate.R(2KB)
----fastqq.R(2KB)
----colours()
--------14.rainbow1.png(2KB)
--------4.Dark2.png(2KB)
--------16.rainbow3.png(2KB)
--------2.matlab2.png(2KB)
--------12.rgbs.png(2KB)
--------5.Set2.png(2KB)
--------15.rainbow2.png(2KB)
--------3.Set1.png(2KB)
--------9.blues.png(2KB)
--------8.greens.png(2KB)
--------13.all.png(2KB)
--------10.purples.png(2KB)
--------6.DarkSet2.png(3KB)
--------1.matlab.png(2KB)
--------11.greys.png(2KB)
--------colour.txt(52B)
--------7.reds.png(2KB)
----README.md(20KB)
----old version()
--------fastman.R(15KB)
----plots()
--------md4.png(69KB)
--------md8.png(91KB)
--------md2.png(65KB)
--------md9.png(78KB)
--------md10.png(84KB)
--------md1.png(69KB)
--------md2a.png(109KB)
--------md13.png(76KB)
--------plots.txt(73B)
--------md6.png(150KB)
--------md11.png(78KB)
--------md5.png(68KB)
--------md7.png(66KB)
--------md3.png(91KB)
--------md12.png(72KB)
----fastman.R(26KB)
----demo.png(90KB)