文件名称：EXTREME:MEME模型的在线EM实现，可在大型ChIP-Seq和DNase-Seq足迹数据中快速发现基序
文件大小：5.72MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-06 16:02:28
C
EXTREME 2.0的自述文件 注意：自2018年起，该存储库已弃用。 除非您有使用EXTREME的特定原因，否则我建议使用 。 EXTREME是一种有效的主题发现算法。 它应用在线EM算法来发现图案。 它使用与MEME相同的模型，将序列绑定偏好表示为位置频率矩阵（PFM）。 EXTREME用Python编写，并结合了一部分MEME和DREME（由T. Bailey编写）的源代码。 极端出版。 您可以在下载该论文的Advance Access版本。 如果您还有其他问题，可以给我发电子邮件 。 引用极端 Quang，D.，＆Xie，X.（2014年）。 EXTREME：用于发现主题的在线EM算法。 生物信息学，btu093。 安装 必需的 。 绝大多数EXTREME算法都是用Python编写的。 尽管这些库是Python> = 2.7发行版的标准库，但请确保设置中具有以下库：argpa
【文件预览】：
EXTREME-master
----src()
--------setup.py(278B)
--------read_sequence.c(8KB)
--------update_java_out_cluster.pl(672B)
--------sequence.py(29KB)
--------background.c(22KB)
--------discretize.c(15KB)
--------heap.h(2KB)
--------array-list.c(16KB)
--------motif.h(13KB)
--------dpalign.c(19KB)
--------prior.c(9KB)
--------meme.h(26KB)
--------Consensus2PWM.py(4KB)
--------display.c(87KB)
--------mtype.h(258B)
--------fasta-dinucleotide-shuffle.py(6KB)
--------run_consensus_clusering_using_wm.pl(1KB)
--------logodds.c(26KB)
--------em.c(7KB)
--------motif.jar(936KB)
--------red-black-tree.c(25KB)
--------io.h(785B)
--------display.h(3KB)
--------matrix.h(15KB)
--------heap.c(13KB)
--------array-list.h(6KB)
--------sample-dna-motif.meme-io(2KB)
--------array.h(15KB)
--------dpalign.h(1KB)
--------EXTREME.py(33KB)
--------user.h(1KB)
--------read_seq_file.c(12KB)
--------logs.h(2KB)
--------star.h(864B)
--------hash_alph.c(12KB)
--------message.h(5KB)
--------matrix.c(40KB)
--------red-black-tree.h(8KB)
--------hash_table.h(2KB)
--------likelihood.c(10KB)
--------hash_alph.h(11KB)
--------memewrapper.pyx(3KB)
--------background.h(2KB)
--------llr.c(24KB)
--------logs.c(2KB)
--------read_sequence.h(645B)
--------utils.h(18KB)
--------meme.c(23KB)
--------macros.h(13KB)
--------GappedKmerSearch.py(7KB)
--------motif.c(30KB)
--------hierarchical_clustering.pl(5KB)
--------general.h(5KB)
--------logodds.h(6KB)
--------consensus2weightmatrix.pl(1KB)
--------log.md(16KB)
--------alphabet.c(17KB)
--------alphabet.h(4KB)
--------utils.c(35KB)
--------histogram.h(3KB)
--------io.c(4KB)
--------em.h(1KB)
--------llr.h(886B)
--------gene_utils.pm(30KB)
--------read_seq_file.h(513B)
--------array.c(32KB)
--------align_sequence_in_cluster.pl(3KB)
--------prior.h(2KB)
--------message.c(17KB)
--------hash_table.c(12KB)
----LICENSE(18KB)
----README.md(8KB)
----ExampleFiles()
--------GM12878_NRSF_ChIP.fasta(317KB)
--------K562_DNase.fasta(14.9MB)
----AdvanceAccess.pdf(250KB)