文件名称：recYnH_docker:recYnH源代码-docker source code
文件大小：53.04MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-13 22:36:11
系统开源
记录 目录： 概括 该程序将使用recYnH测序文件并生成对应基因的recYnH相互作用评分矩阵。 要求 rec-YnH需要以下软件： python 2.7或更高版本，并安装了以下软件包（请参见安装部分）： scipy， //pypi.org/project/scipy/ cutadapt， //cutadapt.readthedocs.io/en/stable/installation.html blast + 2.6.0或更高版本， R 3.1或更高版本，并且安装了以下软件包（请参阅安装部分）： Optparse RColorBrewer 重塑2 ggplot2> = v2.0 大量的 开发工具 领结1.0.0（Langmead等，2009）， ://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml 安装 > git clone
【文件预览】：
recYnH_docker-master
----docker_align.sh(1KB)
----README.txt(4KB)
----docker_merge.sh(545B)
----deps.R(646B)
----docker_merge_test.sh(621B)
----docker_push.sh(79B)
----docker_interactive.sh(719B)
----docker_ps.sh(27B)
----docker_align_test.sh(2KB)
----Dockerfile(2KB)
----3rd_party()
--------README.txt(370B)
--------blastn(37.93MB)
--------makeblastdb(26.16MB)
----docker_build.sh(131B)
----LICENSE(1KB)
----docker_pull.sh(79B)
----.DS_Store(6KB)
----share()
--------fastq()
--------db()
--------output()
--------.DS_Store(6KB)
--------run.sh(24KB)
----src()
--------figure6.v1.R(12KB)
--------figure5.v1.R(1KB)
--------main.py(14KB)
--------figure_A463.R(10KB)
--------align.py(4KB)
--------figure_subsampling.R(5KB)
--------align.pyc(2KB)
--------object.py(313B)
--------figure3.v1.R(61KB)
--------Y2H_Blastn.sh(24KB)
--------fasta.pyc(2KB)
--------visualization.R(189KB)
--------library_checker.py(34KB)
--------figure_EGFR.R(48KB)
--------docker_test.sh(167B)
--------merge.pyc(1KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------command_center.pyc(1KB)
--------share()
--------init.R(213KB)
--------fasta.py(2KB)
--------command_center.py(570B)
--------figures.R(61KB)
--------figure_Xist.R(9KB)
--------object.pyc(609B)
--------figure4.v1.R(58KB)
--------recYnH.py(7KB)
--------merge.py(1KB)
--------figure2.v1.R(15KB)
--------library_checker.pyc(15KB)
--------Rplots.pdf(2.83MB)
--------recY2H.py(46KB)
----.gitignore(69B)
----docker_rm_all.sh(131B)
----README.md(2KB)
----docker_daemon.sh(983B)
----Rplots.pdf(2.58MB)
----.vscode()
--------launch.json(4KB)