文件名称：variantValidator:VariantValidator项目的公共存储库
文件大小：328KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-27 17:07:02
Python
VariantValidator 关于 VariantValidator是一种用户友好的软件工具，旨在根据HGVS序列变异命名法验证DNA变异描述的语法和参数。 VariantValidator可确保通过HGVS术语的复杂性为用户提供指导，例如，如果用户犯了错误，VariantValidator会自动纠正错误（如果可以的话），或者如果错误则提供有用的指导。 此外，VariantValidator可以在HGVS和变异调用格式（VCF）中的转录变异描述和基因组变异描述之间准确地进行相互转换。 VariantValidator与hgvs包接口以解析，格式化和操作生物序列变体。 有关hgvs软件包的详细信息，请参见 VariantValidator是一个功能强大的平台，可实现的功能的高吞吐量和可嵌入利用 特征 的基本功能和VarinantValidator记录在这里 VariantVali
【文件预览】：
variantValidator-master
----Dockerfile(352B)
----.gitignore(250B)
----README.md(10KB)
----bin()
--------vv_configure.py(2KB)
--------update_vdb.py(1KB)
--------variant_validator.py(3KB)
----.github()
--------ISSUE_TEMPLATE()
----VariantValidator()
--------configure.py(2KB)
--------update_vv_db.py(10KB)
--------validator.py(1KB)
--------logger.py(1KB)
--------settings.py(2KB)
--------__init__.py(872B)
--------modules()
--------version.py(1KB)
----uta_docker.df(301B)
----tests()
--------test_valoutput.py(14KB)
--------inputVariants.txt(8KB)
--------test_inputs.py(2.39MB)
--------test_variant.py(14KB)
--------test_core.py(16KB)
--------test_utils.py(16KB)
--------test_aa_db_update.py(3KB)
--------test_configuration.py(10KB)
----environment.yml(337B)
----docker-compose.yml(514B)
----docs()
--------INSTALLATION.md(6KB)
--------MANUAL.md(5KB)
--------COMMON_ERRORS.md(3KB)
--------DOCKER.md(3KB)
----CONTRIBUTING.md(2KB)
----CODE_OF_CONDUCT.md(5KB)
----.coverage(52KB)
----requirements.txt(204B)
----configuration()
--------default.ini(1KB)
--------travis.ini(1KB)
--------empty_vv_db.sql(5KB)
--------docker.ini(1KB)
----LICENSE.txt(34KB)
----MANIFEST.in(75B)
----setup.py(3KB)
----.travis.yml(1KB)
----vdb_docker.df(357B)
----requirements_dev.txt(227B)