文件名称：sGES-figures
文件大小：1023KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-28 23:24:50
R
用于在“基于蛋白质结构的基因表达特征”中生成图形的代码 Rahman，R等。 2021年，PNAS 指示 要从文章中生成图，您可以在交互式R会话期间运行在每个目录中找到的脚本，其中脚本的每一行都发送到R终端。 每个图形的每个脚本都是独立的，可以单独运行。 但是，所有脚本都需要填充图形目录中的数据目录。 此存储库中包含一些实用程序脚本，用于解析GTEx数据或在R中创建和训练自动编码器。 该代码已经过验证，可以在以下平台上运行：Ubuntu 20.04 LTS，Ubuntu 18.04 LTS和适用于Linux的Windows子系统。 您的里程可能因其他平台而异。 资料目录 所有代码都引用了figures/data/目录这是一个目录，其中包含用于生成图形的数据。 由于所生成数据的大小（> 4GB），该存储库中未包含该数据，但可以从此处下载： : 请解压缩文件，然后将文件夹放置到f
【文件预览】：
sGES-figures-master
----figures()
--------figure-5()
--------data()
--------figure-3()
--------figure-7()
--------figure-6()
--------figure-1()
--------figure-4()
----test(0B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(4KB)
----files()
--------ParentChildTreeFile.txt(389KB)
--------scope_total_2.06-stable.txt(400KB)
--------genenames.csv(338KB)
--------entry.list(1.88MB)
--------backgrounds()
--------available_uniprot_ids.csv(159KB)
----scripts()
--------utilites()
--------autoencoder()