文件名称：bio-vcf:智能VCF解析器DSL
文件大小：277KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 15:56:33
Ruby
生物vcf 快速索引： 统计数据 原料药 引用 生物vcf Bio-vcf提供了一种域专用语言（DSL），用于处理VCF格式。 记录命名字段可以使用正则表达式查询，例如 sample . dp > 20 and rec . filter !~ /LowQD/ and rec . tumor . bcount [ rec . alt ] > 4 Bio-vcf是新一代VCF解析器，过滤器和转换器。 Bio-vcf不仅对全基因组（WGS）数据非常快，而且还具有非常好的过滤，评估和重写语言，并且可以输出任何类型的文本数据，包括VCF标头以及RDF和JSON中的内容。 那么，为什么要在其他解析器上使用bio-vcf？ 因为 Bio-vcf快速且可在多核计算机上扩展 Bio-vcf具有表达性的过滤和评估语言 Bio-vcf具有强大的多样本支持 Bio-vcf具有多个全局过滤器和样本过滤器
【文件预览】：
bio-vcf-master
----guix.scm(2KB)
----.gitignore(155B)
----bin()
--------bio-vcf(15KB)
----.travis.yml(28B)
----bio-vcf.gemspec(1KB)
----doc()
--------json.png(15KB)
--------GATK_comparison.md(9KB)
--------Compare_VCFs.md(4KB)
--------pcows.org(3KB)
--------Using_Mongo.md(11KB)
--------Using_RDF.md(5KB)
--------GTEx_reduce.md(27KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----README.md(40KB)
----ragel()
--------.gitignore(5B)
--------gen_vcfheaderline_parser.rl(10KB)
--------generate.sh(174B)
----VERSION(6B)
----lib()
--------bio-vcf()
--------bio-vcf.rb(626B)
--------regressiontest.rb(350B)
--------regressiontest()
----test2.vcf(0B)
----Gemfile(102B)
----RELEASE_NOTES.md(1KB)
----features()
--------vcf_header.feature(2KB)
--------cli.feature(4KB)
--------sfilter.feature(2KB)
--------support()
--------step_definitions()
--------multisample.feature(4KB)
--------somaticsniper.feature(4KB)
--------filter.feature(610B)
--------diff_count.feature(1KB)
----Rakefile(578B)
----template()
--------vcf2rdf.erb(330B)
--------vcf2json_full_header.erb(496B)
--------vcf2json_use_meta.erb(969B)
--------vcf2rdf_header.erb(740B)
--------vcf2json_expanded.erb(900B)
--------vcf2json.erb(371B)
--------gatk_vcf2rdf.erb(949B)
----test()
--------data()
--------performance()
--------stress()