文件名称：NGSCheckMate:用于检查NGS数据样本匹配的软件程序
文件大小：18.88MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 06:35:28
Python
NGSCheckMate是一个软件包，用于识别同一个人的下一代测序（NGS）数据文件。 它分析了各种类型的NGS数据文件，包括（但不限于）全基因组测序（WGS），全外显子组测序（WES），RNA-seq，ChIP-seq和各种深度的靶向测序。 数据类型可以混合（例如WES和RNA-seq，或RNA-seq和ChIP-seq）。 它以BAM（与基因组对齐的读数），VCF（变体）或FASTQ（未对齐的读数）文件为输入。 NGSCheckMate使用已知单核苷酸多态性（SNP）等位基因片段的深度相关模型来识别同一个人的样本。 我们的免比对模块速度快（例如，使用单核的RNA-seq不到一分钟），我们建议您在合并/比对测序读段之前进行快速初始质量检查。 可以分别在比对和变异调用步骤之后使用BAM和VCF模块，以确保在进行进一步的下游分析之前正确地标注样品。 当前，它仅适用于人类数据。 NGSChe
【文件预览】：
NGSCheckMate-master
----ngscheckmate_fastq(29KB)
----patterngenerator()
--------Makefile(693B)
--------patternconverter(12KB)
--------patternfile2fasta.pl(165B)
--------patterntestreader(12KB)
--------makesnvpattern.pl(1KB)
--------snvbed2patternfile.3.pl(3KB)
--------filter_patters_based_on_ntm.pl(586B)
--------functions.h(816B)
--------parse.pattern.bowtie.pl(663B)
--------main.c(368B)
--------patterntestreader_main.c(370B)
--------functions.c(5KB)
----.travis.yml(178B)
----ncm.conf(122B)
----ncm_fastq.py(36KB)
----vaf_ncm.py(22KB)
----ngscheckmate_fastq-source()
--------ngscheckmate_functions.c(23KB)
--------ngscheckmate_fastq(29KB)
--------VersionHistory(1KB)
--------Makefile(649B)
--------stringhash2.h(746B)
--------ngscheckmate_main.c(6KB)
--------stringhash_test_main.c(663B)
--------ngscheckmate.h(1KB)
--------stringhash.h(875B)
--------stringhash.c(3KB)
--------stringhash2.c(3KB)
--------patternconvert.h.gch(2.08MB)
--------patternconvert.h(816B)
----LICENSE(1KB)
----ncm.py(56KB)
----README.md(15KB)
----tests()
--------test.sh(351B)
--------GRCh37_21part.3.ebwt(71B)
--------GRCh37_21part.rev.2.ebwt(1.32MB)
--------GRCh37_21part.multi.fa(23.22MB)
--------SNP_GRCh37_hg19_woChr_21part.bed(1KB)
--------GRCh37_21part.4.ebwt(2.64MB)
--------test_21part.fastq(4.84MB)
--------GRCh37_21part.2.ebwt(1.32MB)
--------GRCh37_21part.1.ebwt(7.02MB)
--------GRCh37_21part.rev.1.ebwt(7.02MB)
----Documentation.pdf(188KB)
----test_datafiles.txt(151B)
----graph()
--------test.out.xgmml(6KB)
--------xgmml.template.node(2KB)
--------xgmml.template.2(10B)
--------xgmml.template.edge(794B)
--------luad.out.xgmml(101KB)
--------xgmml.template.1(1KB)
--------sample.input.txt(206B)
--------ngscheckmate2xgmml.R(7KB)
--------sample.label.txt(252B)
----install_ncmfastq.sh(219B)
----ncm_test.py(42KB)
----SNP()
--------SNP_GRCh38_hg38_wChr.bed(782KB)
--------SNP_GRCh37_hg19_woChr.bed(728KB)
--------SNP_GRCh37_hg19_wChr.bed(789KB)
--------SNP.pt(411KB)