scripts:用于处理NGS数据和其他生物数据的脚本

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文件名称：scripts:用于处理NGS数据和其他生物数据的脚本

文件大小：84KB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-04-26 05:00:08

Python

剧本 Java，R，Python和Bash脚本来处理NGS数据和其他生物数据 还检查了其他物种基因组学的脚本（ 在线教程）（ ）！ 过滤脚本 ldPruning.sh Bash脚本可从vcf文件中以高度链接不平衡状态修剪SNP。 这对于所有假设SNP之间没有链接，即需要独立SNP（例如结构，PCA，树混合...）的下游分析都非常重要。 需要vcftools和plink Usage: ldPruning.sh [optional: ] PhiX_removal.sh Bash脚本删除NGS数据中的PhiX（病毒）读取。 该脚本生成具有对齐的PhiX读取的sam文

【文件预览】：
scripts-master
----runBowtie2RADID.sh(2KB)
----README.md(10KB)
----makeRecombMap4fineSTRUCTURE.sh(3KB)
----convertVCFtoEigenstrat.sh(4KB)
----vcf2phylip.py(7KB)
----Phix_Removal.sh(1KB)
----createRADmappingReport.sh(5KB)
----vcf2fineRADstructure.sh(5KB)
----convertIndsFineSTR.sh(913B)
----filter_vcf.py(25KB)
----demultiplexing.sh(5KB)
----ldPruning.sh(3KB)
----addRecombRates.r(2KB)
----vcf2fineSTR.lsf(1KB)
----allelicBalance.py(6KB)
----HaploABBABABA_multithreaded.jar(55KB)