文件名称：ngs_scripts:我经常使用的脚本
文件大小：13KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-10 10:54:51
Shell
ngs_scripts 我经常使用的ngs脚本的存储库。 脚本清单 align_RAD_2019.sh =对齐R1和R2 fastq文件中的RAD数据（markdup，fixmate） align_ind_fa_2019.sh =单个fastq文件中数据的基本对齐 Barcodes_pst1.csv =用逗号分隔的Pst1条码列表 Barcodes_sbf1.csv-Sbf1条码的逗号分隔列表 BarcodeSplitList3Files.pl = Perl脚本，用于根据给定的条形码拆分通道 BCsplitBestRadPE2.pl = perl脚本，用于通过内嵌条形码按Kong划分每个泳道。注意：现在需要在行中提供条形码-确保条形码与RE相匹配 BUSCOv？.sh =运行BUSCO版本x的脚本 RUN_alignment_RAD.slurm =要提交以对齐RAD PE数据的Slurm
【文件预览】：
ngs_scripts-master
----RUN_alignment_RAD.slurm(2KB)
----genometools_assembly_stats.sh(890B)
----README.md(951B)
----BarcodeSplitList3Files.pl(2KB)
----BUSCOv4.sh(3KB)
----align_RAD_2019.sh(2KB)
----BCsplitBestRadPE2.pl(2KB)
----STATS_cumulative_length.fastq.sh(965B)
----barcodes_Pst1.csv(768B)
----barcodes_Sbf1.csv(816B)
----splitRAD_Pst1.sh(4KB)
----align_ind_fa_2019.sh(1KB)
----splitRAD_Sbf1.sh(4KB)
----BUSCOv3.sh(2KB)