【文件属性】：
文件名称：FluLINE:流感分析流程
文件大小：7.32MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-08 11:59:57
Python
FluLINE（流感分析管道）
2018年7月6日更新：
添加了自定义数据库选项。 用户定义的fasta文件，其中包含到数据库的序列以供查询。
扩展到非分段病毒分析
FluLINE.py是用于处理IonTorrent或Illumina的fastq测序文件的包装脚本。 管道执行下面说明的步骤（i），（iv），（v），（vi）和（vii）。
管道中的主要步骤是
i）通过cutadapt和FastQC过滤测序读数-质量为20且最小长度为50bp的高质量过滤器。 -代码= /bin/run_QC.sh
ii）在每次读取的NCBI数据库中找到最接近的序列-在本地下载NCBI数据库（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/）。 如果最近的参考基因组未知，则使用“ /bin/FindSpeciesInSample.py”来生成一个XML文件，该文件具有针对NCB