文件名称:CRISPRforecast:CRISPR预测
文件大小:365KB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-04-10 09:27:23
JupyterNotebook
CRISPRforecast:预测CRISPR / Cas9系统中高目标sgRNA活性的有效方法 作者:Zahid Hossain,Sajid Ahmed,Shafayat Bin Sabbir,Atikul Islam Sajib,Md Rafsan Jani,Sheikh Adilina,Dewan Md。Farid,Abdollah Dehzangi和Swakkhar Shatabda 网站链接: : 结构: 原始数据集存储在“数据”文件夹中。 模型和特征生成代码存储在“代码”文件夹中。 所有必需的图都存储在“图和图”文件夹中。 使用CRISPRforecast: 从“ requirements.txt”安装必要的软件包 为了生成特征,请使用“数据”文件夹中提供的数据集。 将Feature_Generation.ipynb和Original_Dataset.csv文件放在同一文件
【文件预览】:
CRISPRforecast-master
----requirements.txt(5KB)
----graphs and diagrams()
--------CRISPR Research Diagram 2.png(54KB)
--------Target Genes Nucleotide Counts.png(45KB)
--------auPR.png(21KB)
--------Feature Importance.png(41KB)
--------auROC.png(18KB)
----README.md(1KB)
----data()
--------Original Dataset.csv(445KB)
----codes()
--------CRISPR_Feature_Extraction_KPCA_Linear.ipynb(48KB)
--------CRISPR_Feature_Extraction_KPCA_Poly.ipynb(49KB)
--------CRISPR_Feature_Selection_RFC.ipynb(49KB)
--------Feature_Generation.ipynb(19KB)
--------CRISPR_No_Feature_Reduction.ipynb(48KB)