文件名称：CRISPR工具：CRISPR屏幕分析管道
文件大小：36.19MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-04 09:16:01
bioinformatics-pipeline crispr-screens-pipeline Shell
CRISPR屏幕生物信息流水线
该生物信息学管道将自动执行来自CRISPR-Cas9筛选实验的NGS数据分析。 它使用MAGeCK进行统计分析。
软件依赖项：
Python 3
大熊猫
脾气暴躁的
Matplotlib
海生
[R
快速质量控制
多质量控制
领结2
Cutadapt
Pigz（如果未安装，将使用gunzip，但速度会较慢）
麦格克
说明：
从命令行安装：
git clone https://github.com/niekwit/CRISPR-tools.git
为包含子文件夹raw-data的分析创建一个主文件夹（可以是任何名称），该子文件夹包含fastq.gz文件。
导航至命令行中的分析文件夹，然后键入： path/to/crispr-pipeline.sh [ -l