【文件属性】：
文件名称：16s捕获：Pipleine代码，“通过广泛的16S rRNA富集来敏感鉴定临床标本中的细菌DNA”
文件大小：1.01MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-14 02:51:23
Python
16S rRNA捕获管线
Pipleine代码，“通过广泛的16S rRNA富集来敏感鉴定临床标本中的细菌DNA”
Sara Rassoulian Barrett [1]，Noah G. Hoffman [1]，Christopher Rosenthal [1]，Andrew Bryan [1]，Desiree A. Marshall [2]，Joshua Lieberman [1]，Brad T. Cookson [1]，Stephen J. Salipante [1]（通讯作者）
[1]美国华盛顿州华盛顿大学华盛顿大学检验医学系
[2]美国华盛顿特区华盛顿大学病理学系
设置
创建一个virtualenv：
python3 -m venv py3-env
source py3-env/bin/activate
pip install -U pip wheel
pip install
【文件预览】：
16s-capture-master
----singularity()
--------Singularity_htstream(425B)
--------Singularity_epa(471B)
--------Singularity_ea-utils(448B)
--------Singularity_krona(492B)
--------Singularity_gappa(407B)
----data-sra.conf(14KB)
----README.rst(3KB)
----data-sara.conf(6KB)
----bin()
--------get_classifications.py(6KB)
--------check_data.py(1KB)
--------read_depth.py(1KB)
--------get_consensus.py(2KB)
--------read_stats.py(2KB)
--------cmfilter.py(3KB)
--------get_model_descriptor.py(1KB)
--------merge.py(2KB)
--------histogram.py(1KB)
----data()
--------Illumina_adaptors_v2.fa(466B)
--------RRNA_16S_BACTERIA.calibrated.cm(924KB)
--------sra.csv(7KB)
--------krona_labels.csv(3KB)
----SConstruct(13KB)
----data.conf(17KB)
----data-small.conf(909B)
----src()
--------pear-0.9.11-linux-x86_64.tgz(706KB)
--------pear-src-0.9.11.tgz(166KB)
----settings.conf(1KB)
----requirements.txt(65B)
----.gitignore(64B)