【文件属性】：
文件名称：proteomics:蛋白质组学分析工具
文件大小：104KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-07-09 14:36:21
Python
Saito Lab：计算蛋白质组学工具
该存储库包含一组用于分析蛋白质组学数据的计算工具。
一般系统说明
这些工具旨在帮助研究人员回答有关蛋白质组学数据的问题。
这些工具帮助提供答案的一些具体问题包括：
蛋白质组 A 和蛋白质组 B 中是否存在胰蛋白酶肽 XXX？
蛋白质组 A 和蛋白质组 B 共有多少种胰蛋白酶肽？
蛋白质组 A 中是否都发现了胰蛋白酶肽 XXX 和 YYY？
蛋白质组 A 中有多少与肽 XXX 相差 n 个位置的胰蛋白酶肽？
分析工具包括：
1)：一个数据库，存储在一个独立的 SQLite 文件中。 2)：python 库，用于处理、摄取和分析数据 3)：命令行脚本，充当 python 库和数据库的接口。
请注意，这并非设计为高性能/大容量解决方案； 相反，它旨在用作对蛋白质组学数据进行计算分析的快速简便的测试平台。
安装
这些说明假设您在具有 pyth
【文件预览】：
proteomics-master
----.gitignore(263B)
----bin()
--------list_taxons.sh(135B)
--------digest_and_ingest.sh(130B)
--------query_by_sequence.sh(138B)
--------setEnv.sh(441B)
--------clear_taxon_data.sh(137B)
--------install_requirements.sh(132B)
--------generate_redundancy_tables.sh(147B)
--------initialize_db.sh(234B)
--------run_tests.sh(128B)
----pip_requirements.txt(11B)
----README.md(8KB)
----lib()
--------proteomics()
----docs()
--------expasy_peptidecuttr_enzymes_files()
--------expasy_peptidecuttr_enzymes.html(38KB)