文件名称：对准器
文件大小：144KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-23 05:57:51
C++
对准器 跑 生成可执行文件 $ g++-10 main.cpp -o hewill -pthread -ltbb -std=c++20 -O3 biomodern/ssw.cpp -Wno-ignored-attributes 索引（仅支持未压缩的hs37d5.fa， ） $ ./hewill index /mnt/fa/hs37d5.fa 对齐（仅支持未压缩的fastq） // fa_path fq1_path fq2_path sam_prefix sample_name(SM) read_group(RGID) thread_num $ ./hewill align /mnt/fa/hs37d5.fa /mnt/fq/HG001.1.fq /mnt/fq/HG001.2.fq /mnt/sam/HG001 HG001 1 80 表现 与 ： 重要的 该比对器在以下测序特性上进行了
【文件预览】：
aligner-master
----biomodern()
--------hs37d5.hpp(4KB)
--------fm_index.hpp(9KB)
--------serializer.hpp(2KB)
--------cigar.hpp(4KB)
--------mapq.hpp(3KB)
--------ssw.h(9KB)
--------sam.hpp(3KB)
--------istring.hpp(3KB)
--------ssw.cpp(28KB)
--------smith_waterman.hpp(2KB)
--------dibit_vector.hpp(33KB)
----aligner.hpp(21KB)
----aligner_base.hpp(13KB)
----main.cpp(10KB)
----cpu_profiler.pdf(14KB)
----performance.png(87KB)
----README.md(969B)
----gatk_scripts()
--------19.sh(634B)
--------21.sh(634B)
--------filter.sh(406B)
--------merge.sh(1KB)
--------13.sh(635B)
--------18.sh(634B)
--------X.sh(654B)
--------1.sh(657B)
--------4.sh(634B)
--------9.sh(632B)
--------17.sh(634B)
--------11.sh(635B)
--------12.sh(635B)
--------10.sh(635B)
--------sam.sh(336B)
--------5.sh(634B)
--------7.sh(632B)
--------20.sh(634B)
--------16.sh(655B)
--------14.sh(635B)
--------22.sh(634B)
--------3.sh(634B)
--------6.sh(654B)
--------8.sh(632B)
--------2.sh(657B)
--------15.sh(635B)