文件名称：hisat:快速拼接对准器，内存需求低
文件大小：5.11MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-30 15:53:40
C++
希萨特 HISAT是一种快速灵敏的剪接比对程序，可用于绘制RNA-seq读图。 HISAT除了代表整个基因组的一个全球FM指数外，还使用大量小FM指数，这些指数共同覆盖了整个基因组（每个指数代表约64,000 bp的基因组区域，并且需要约48,000指数才能覆盖人类基因组） ）。 这些小的索引（称为局部索引）与几种比对策略相结合，可以有效地比对RNA-seq读段，尤其是跨越多个外显子的读段。 HISAT的内存占用量相对较低（人类基因组约为4.3GB）。 我已经基于Bowtie2实现开发了HISAT，以处理FM索引上的大多数操作。