文件名称：pycgtool:从原子轨迹生成粗粒度的分子动力学模型
文件大小：383KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 06:58:30
python science molecular-dynamics computational-chemistry coarse-grained-molecular-dynamics
缩醛工具 有关完整的文档，请参见 。 一个用于从原子模拟轨迹自动生成粗粒度分子动力学模型的Python程序。 该项目的目的是提供一种工具，以协助参数化粗粒度（CG）分子力学模型。 PyCGTOOL使用用户提供的映射从原子模拟轨迹生成粗粒度模型。 结合项的平衡值和力常数通过从输入轨迹收集的结合分布的玻尔兹曼反演来计算。 可选地，仅地图模式（类似于MARTINIZE）可用于生成初始坐标，以与现有的CG拓扑（例如MARTINI脂质模型）一起使用。 例如，可以使用预先平衡的原子膜来创建用于MARTINI膜模拟的起始坐标。 通过对配置文件进行简单的更改，PyCGTOOL可以轻松测试映射和绑定拓扑中的多种变化。 与原始C ++实现CGTOOL相比，此版本具有多个优点： PyCGTOOL能够在任何必要的库依赖项可用的地方运行（都可以从pip获得） 不需要残渣存在于连续排序的块中 一次可以绘
【文件预览】：
pycgtool-master
----.requirements-test.txt(20B)
----sanitize.py(2KB)
----requirements.txt(24B)
----doc()
--------source()
--------make.bat(7KB)
--------tutorial_files()
--------Makefile(8KB)
----.travis.yml(324B)
----pycgtool.py(2KB)
----test()
--------test_mapping.py(3KB)
--------test_interface.py(1KB)
--------test_frame.py(8KB)
--------test_util.py(8KB)
--------test_parsers_cfg.py(1KB)
--------__init__.py(0B)
--------test_bondset.py(8KB)
--------test_functionalforms.py(997B)
--------data()
--------test_pycgtool.py(3KB)
--------test_forcefield.py(387B)
----clean.sh(50B)
----LICENSE.md(34KB)
----README.md(4KB)
----pycgtool()
--------mapping.py(10KB)
--------util.py(15KB)
--------bondset.py(16KB)
--------functionalforms.py(4KB)
--------parsers()
--------__init__.py(0B)
--------framereader.py(10KB)
--------pycgtool.py(4KB)
--------forcefield.py(6KB)
--------interface.py(9KB)
--------frame.py(9KB)
----data()
--------water.gro(27KB)
--------atom_masses.json(93B)
--------w.itp(1KB)
--------watermodels.dat(73B)
--------martini_v2.2.itp(49KB)
----.gitignore(119B)