文件名称：matlab中拨号代码-ImageAnalysis:单细胞分割和分析代码
文件大小：15.05MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 08:25:29
系统开源
matlab中拨号代码图像分析 该存储库包含用于3D单细胞分割和分析的Matlab代码。 可以找到分步说明。 分割 分段器是用于单细胞分段的Matlab应用。 简单的用户界面允许调整参数，直到实现精确的分割为止。 可以通过阈值化细胞质标记物或通过对膜标记物进行分水岭转化来以3D方式分割细胞。 细分参数包括： 3D裁剪平面以删除相邻的单元格 阈值级别和通道。 阈值之前应用了波斯语的sigma。 拨和蚀的量。 像元的近似半径。 您可以在应用程序中滚动浏览z维度，并可以以3D方式查看单元格蒙版。 一旦实现了精确的分割，就可以将其另存为Tiff。 然后可以使用Matlab，ImageJ或任何其他程序对单元进行分析。 分析 分析脚本将功能应用于图像文件夹，并将结果保存为Excel文件。 我的分析功能在第90个百分位处对通道进行阈值识别点，然后计算三个区域的富集和部分重叠：质膜（<1um> 3um）。 可以轻松编写不同的函数来以不同的方式分析单元格。 可视化 该存储库还包括用于可视化富集和部分重叠的代码。 分布脚本生成一个圆形热图，该热图表示一组单元格的平
【文件预览】：
ImageAnalysis-master
----functions()
--------cellicon4.m(2KB)
--------approximatecell.m(753B)
--------makefigure3.m(3KB)
--------savetif1.m(385B)
--------show3d.m(194B)
--------pearson.m(832B)
--------cellicon1.m(964B)
--------COG.m(2KB)
--------analyzepuncta.m(2KB)
--------makefigure4.m(3KB)
--------makeregions.m(679B)
--------analyze.m(4KB)
--------watershedcell.m(1KB)
--------loadtif3.m(1KB)
--------getthresh.m(401B)
--------cellicon2.m(1KB)
--------thresholdCell.m(1KB)
--------separatecells.m(636B)
--------makeplane3.m(1KB)
--------getcolor.m(31KB)
--------loadtif1.m(451B)
--------refinemask.m(371B)
--------makeplane2.m(1KB)
----distribution.m(1KB)
----checkfolder.m(1KB)
----visualization()
--------overlap.m(1KB)
--------thersholdedslice.m(1KB)
--------eccomparison.m(2KB)
--------visualize3d.m(2KB)
--------wtgraphs.m(9KB)
----Segmenter.mlapp(48KB)
----README.md(2KB)
----punctaanalysis.m(821B)
----Segmenter.prj(3KB)
----analysis.m(828B)
----instructions()
--------Image Analysis Directions.pdf(5.09MB)
--------Analysis.png(9.22MB)
--------3DView.png(101KB)
--------HeatMap.png(59KB)
--------Segmenter.png(929KB)