文件名称：matlab集成c代码-scones:选择预期的解释性SNP
文件大小：349KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 20:05:52
系统开源
Matlab集成的c代码司康饼 （S之选精读nectedËxplanatory小号NPS） 概括 实现以下方法的MATLAB代码： C.-A. Azencott，D.Grimm，M.Sugiyama，Y.Kawahara和K.Borgwardt（2013）带有图割的高效网络引导多位点关联映射，生物信息学29（13），i171-i179 相关工作和资料库 EasyGWAS ：SConES已集成到GWAS数据的分析和元分析框架。 特别是，它提供了Python接口。 sfan ：关于特征选择部分（即在处理了GWAS数据并为SNP评分之后），使用了不同的（更快的）maxflow解算器，该模型用Python编写，并且还包含了建议的多任务版本 杉山M. Azencott，D.Grimm，Y.Kawahara和K.Borgwardt（2014）通过最大流量在多个网络上进行多任务功能选择， SIAM ICDM ，199-207 MultiSConeS ：有关此多任务版本的原始版本，请参见。 演示： 在code文件夹中，有一个MATLAB脚本demo.m 要运行演示，请启动MATLAB并输入： demo
【文件预览】：
scones-master
----maxflow()
--------instances.inc(394B)
--------block.h(7KB)
--------license.txt(1KB)
--------edges4connected.m(765B)
--------make.m(763B)
--------graph.h(13KB)
--------test2.m(843B)
--------maxflow.cpp(15KB)
--------maxflowmex.mexa64(65KB)
--------test1.m(659B)
--------graph.cpp(7KB)
--------maxflow.m(1KB)
--------maxflowmex.mexmaci64(63KB)
--------README.txt(3KB)
--------waterfall.bmp(153KB)
--------graph.mexmaci64(63KB)
--------maxflowmex.cpp(5KB)
----data()
--------X.csv(977KB)
--------Y.csv(4KB)
--------W.txt(912KB)
----code()
--------startup.m(1KB)
--------gridsearch.m(2KB)
--------scones.m(4KB)
--------scones_crossvalidation.m(5KB)
--------README.txt(2KB)
--------demo.m(3KB)
--------optimize_scones.m(2KB)
----utils()
--------getCrossvalidationSplitIndices.m(2KB)
--------set_default_options.m(1KB)
--------pca.m(1KB)
--------check_data.m(2KB)
----README.md(4KB)
----linear()
--------linearKernel.m(1KB)
--------residual.m(1KB)
--------compute_c.m(1KB)