文件名称:MUFFIN:用于宏基因组学,转录组学和途径分析的混合装配和差异分箱工作流程
文件大小:1.38MB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-06-11 13:50:20
Nextflow
松饼 MUFFIN是混合装配和差分装箱工作流程,用于宏基因组学,转录组学和途径分析。 如果您在研究中使用MUFFIN,请引用 该文档位于 指数 : : 用法: 自动使用 基本用法 进阶用法 故障排除 选项 完整的帮助和选项 参考书目 执照 介绍 MUFFIN的目标是成为交叉照明和纳米Kong读数的元基因组组装的可复制管道。 MUFFIN使用以下软件 任务 软件 版本 码头工人 图片版本 QC照明 快 0.20.0 关联 0.20.0--78a7c63 质量控制 自动丢弃最短读取的方法 弗朗特朗 0.2.0 关联 v0.2.0--afa175e 元的宏基因组组成 酸味 2.0.1 关联 2.0.1--6970ddc 混合组件 元铲 3.13.1 关联 3.13.1--2c2a4c0 独轮车 0.4.7 关联 0.4.7-0--c0404e6 长时间阅读组装 Me
【文件预览】:
MUFFIN-master
----bin()
--------pankegg_bin_RNA.py(39KB)
--------pankegg_bin.py(24KB)
--------checkm_sourmash_parser.py(3KB)
----MUFFIN_params.yml(233B)
----main.nf(30KB)
----LICENSE(34KB)
----CONTRIBUTING.md(432B)
----configs()
--------local.config(1KB)
--------container.config(1KB)
--------preemptible.config(2KB)
--------conda.config(2KB)
--------cloud.config(1KB)
----.figure()
--------PANKEGG_simple.png(687KB)
--------Logo_MUFFIN_cropped.png(472KB)
--------Logo_MUFFIN.png(533KB)
--------Muffin_Workflow_simple.png(109KB)
----CODE_OF_CONDUCT.md(3KB)
----README.md(23KB)
----nextflow.config(3KB)
----modules()
--------sourmash.nf(1KB)
--------readme_output.nf(382B)
--------seqtk_retrieve_reads.nf(3KB)
--------checkmsetupDB.nf(725B)
--------polish.nf(4KB)
--------maxbin2.nf(869B)
--------cat_all_bins.nf(307B)
--------eggnog_get_databases.nf(617B)
--------ont_qc.nf(1KB)
--------metawrap_refine_bin.nf(6KB)
--------list_ids.nf(475B)
--------checkm.nf(1KB)
--------metabat2.nf(1KB)
--------ext_check.nf(766B)
--------trinity_and_salmon.nf(1KB)
--------sourmashgetdatabase.nf(742B)
--------bwa.nf(2KB)
--------minimap2.nf(2KB)
--------unicycler_reassemble_from_bin.nf(2KB)
--------flye.nf(549B)
--------eggnog.nf(2KB)
--------parser.nf(1KB)
--------spades.nf(680B)
--------fastp.nf(977B)
--------checkmgetdatabases.nf(536B)
--------split_ont.nf(634B)
--------concoct.nf(2KB)
--------checkm_sourmash_parser.nf(754B)
--------test_data_dll.nf(560B)