【文件属性】：
文件名称：physalia_metagenomics:环境宏基因组学，2021年Spring，Physalia课程
文件大小：13.46MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-19 14:40:42
Shell
环境宏基因组学
讲师
赫尔辛基大学Antti Karkman博士
赫尔辛基大学Igor Pessi博士
概述
元基因组学是分析微生物群落的一种广泛使用的工具，因为它可以访问未经培养的微生物的基因组。 特别是在复杂的生态系统（例如土壤）中，当前未培养的分类单元通常占微生物群落的很大一部分。 与扩增子测序相比，元基因组学具有许多优势，因为它不仅提供有关分类学多样性的信息，而且还提供有关微生物群落功能组成的信息。 现在，生物信息学的最新发展使元基因组组装基因组（MAG）的恢复达到了令人难以置信的深度。
在这一周的课程中，您将学习用于分析宏基因组学数据的最新生物信息学方法。 我们将介绍基于读取和基于汇编的方法，并根据研究问题着重介绍每种方法的优势。 我们将使用来自短（例如Illumina）和长阅读（例如Nanopore）测序平台的数据，因为与短读方法相比，它极大地改善了MAG的组装和合并。
先决
【文件预览】：
physalia_metagenomics-main
----installations()
--------assembly_env.yml(121B)
--------README.md(252B)
--------megan_installation.sh(263B)
--------read_based_env.yml(121B)
--------QC_env.yml(121B)
----Day2()
--------sample_info.txt(124B)
--------README.md(8KB)
--------read-based-analyses.pdf(662KB)
----physalia-logo.png(54KB)
----Day4()
--------README.md(5KB)
----Scripts()
--------READ_BASED.sh(1KB)
--------PORECHOP.sh(282B)
--------MEGAHIT.sh(476B)
--------CUTADAPT.sh(513B)
--------METAFLYE.sh(287B)
--------PILON.sh(1KB)
----Day1()
--------connecting-to-the-amazon-EC2-service.pdf(257KB)
--------working-with-the-command-line.pdf(637KB)
--------intro-to-metagenomics.pdf(10.13MB)
--------course-outline.pdf(1.92MB)
--------README.md(12KB)
--------QC-and-trimming.pdf(1.32MB)
----Day3()
--------README.md(3KB)
----README.md(2KB)
----.gitignore(13B)