文件名称：pggb:泛基因组图构建器
文件大小：2.47MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-09 19:16:36
Shell
gg 泛基因组图构建器 该pangenome图构建管道将序列的集合渲染到pangenome图中（在变异图模型中）。它的目标是建立一个局部有向图和无环图，同时保留大范围的变化。保持局部线性对于全景基因组变异图的解释，可视化和重用很重要。 它分为三个阶段： 或 ：（对齐）-它们是概率mash-map映射器。两者都使用mashmap来获得近似映射，然后应用以得出每个映射的比对。他们的基本级对齐算法不同：edyeet是基于的映射器，而wfmash使用。这些映射器用于给定长度的基因组片段，并具有指定的最大序列差异水平，以用于构建全基因组。输入中的所有段均映射到所有其他段。此步骤产生以输出格式表示的比对，其中雪茄描述其基本精确比对。 ：（图形归纳）-从比对中诱导出全基因组图。归纳过程在内存有效的磁盘支持的隐式间隔树中隐式构建。然后，通过比对计算输入序列中碱基的传递闭合。通过在图中跟踪输入序列的路
【文件预览】：
pggb-master
----.github()
--------workflows()
----pggb(16KB)
----Dockerfile(3KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(17KB)
----data()
--------HLA()
--------images()
--------LPA()
----.gitignore(30B)