文件名称：Variant_annotation_VCF
文件大小：1.11MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-12 01:16:51
Python
Variant_annotation_VCF 一个小型软件程序，用于输出CVS表和VCF文件，并带有输入VCF文件中每个变体的注释。 每个变体的其他信息可通过ExAC获得。 为了加快计算速度，使用ExAC API批量查询变量，然后将注释信息首先存储在列表中，然后附加到数据帧中。 相关性： 语言：python 3 使用的包：json，argparse，请求，熊猫，numpy，os.path 带注释的信息 在变化的位置读取深度； 支持变体的阅读次数； 支持变体的读物（AO）与支持参考读物的读物（RO）； EXaC的变体的等位基因频率； 来自EXaC的变体的后果：当有多种后果可用时，选择最严重的后果，严重性信息基于某些变体后果的假定影响 ； 来自EXaC的相关GeneID：根据所选变体结果选择相关GeneID。 用法： 输入是VCF文件，输出将是“ output.csv”和“
【文件预览】：
Variant_annotation_VCF-master
----Challenge_data_annotated.csv(465KB)
----README.md(2KB)
----variant_annoation_VCF.py(11KB)
----Challenge_data_annotated.vcf(3.72MB)