文件名称：Liftoff:准确的GFF3GTF提升管道
文件大小：7.64MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 19:41:26
Python
升空 Liftoff是一种工具，可以在相同或紧密相关物种的程序集之间准确地映射GFF或GTF中的注释。 与当前的坐标提升工具需要一个预先生成的“链”文件作为输入不同，Liftoff是一个独立的工具，它将两个基因组集和一个参考注释作为输入，并输出目标基因组的注释。 Liftoff使用Minimap2 [（Li，2018）]（ ）将参考基因组的基因序列与目标基因组进行比对。 除了两个基因组之间存在许多结构差异之外，仅比对基因序列即可使基因被提升，而不是比对整个基因组。 对于每个基因，Liftoff会找到在保留转录本和基因结构的同时最大化序列同一性的外显子比对。 如果两个基因错误地映射到重叠的基因座，Liftoff会确定哪个基因最有可能被错误映射，并尝试对其进行重新映射。 Liftoff还可以找到目标装配体中存在的其他基因拷贝，这些拷贝未在参考文献中注释。 入门 安装 安装Liftoff
【文件预览】：
Liftoff-master
----setup.py(534B)
----.gitignore(31B)
----LICENSE.md(34KB)
----__init__.py(1B)
----.travis.yml(525B)
----liftoff()
--------find_best_mapping.py(19KB)
--------liftover_types.py(5KB)
--------align_features.py(13KB)
--------__init__.py(1B)
--------feature_hierarchy.py(190B)
--------polish.py(13KB)
--------aligned_seg.py(597B)
--------tests()
--------fix_overlapping_features.py(9KB)
--------lift_features.py(6KB)
--------run_liftoff.py(15KB)
--------merge_lifted_features.py(4KB)
--------extract_features.py(8KB)
--------new_feature.py(338B)
--------write_new_gff.py(5KB)
--------liftoff_utils.py(4KB)
----README.md(13KB)
----.idea()
--------misc.xml(356B)
--------Liftoff.iml(398B)
--------workspace.xml(9KB)
--------vcs.xml(180B)
--------deployment.xml(461B)
--------modules.xml(266B)
----liftoff_logo_current.svg(12KB)