文件名称：patchseqtools:patch-seq 转录组学数据的 QC 和细胞类型分配
文件大小：1.76MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-08-23 14:13:26
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Allen Institute Patch-seq 文档和工具 Patch-seq 是一种强大的技术，可以对单个神经元进行多模式表征——电生理学、形态学和转录组学。 在艾伦研究所，我们优化了这项技术以有效收集高质量数据。 在此 GitHub 存储库中，我们提供了描述此优化技术和相关数据的手稿链接、详细协议、使用此技术的艾伦研究所手稿以及艾伦研究所资源和软件的链接。 此外，这个 repo 包括一个 R 包用于 Patch-seq 细胞的质量控制和细胞分型。 protocol.io 上的 Patch-seq 详细协议 缩放、高保真电生理学、形态学和转录组学细胞表征 多通道 Igor 电生理套件 (MIES) Github 存储库 艾伦研究所 Patch-seq 论文 鼠标视觉皮层 人类 L2/3 - 艾伦研究所细胞类型网络产品 Morpho-Electric 数据库 单细胞 RNA-se
【文件预览】：
patchseqtools-master
----manuscript_data()
--------Patchseq_QC_for_methods_paper.Rmd(12KB)
--------Figure4Supplement1-heatmapdata-FACS.csv(1.56MB)
--------metadata_mouse.csv(2.99MB)
--------Figure4A-heatmapdata-Sst-IRES-Cre.csv(3KB)
--------class_markers.csv(14KB)
--------Figure4B-heatmapdata.csv(684B)
--------metadata_human.csv(243KB)
--------Figure4A-heatmapdata-Pvalb-IRES-Cre.csv(3KB)
--------Figure4Supplement1-heatmapdata-nmspass.csv(1.33MB)
--------Figure4C-scatterdata.csv(69KB)
--------Patchseq_QC_for_methods_paper.nb.html(756KB)
--------Figure3Supplement4_umapdata.csv(247KB)
--------Figure4Supplement1-heatmapdata-nmsfail.csv(180KB)
--------Figure4A-heatmapdata-Rbp4-Cre_KL100.csv(3KB)
--------Figure3Supplement4_violinsdata.csv(376KB)
--------Figure4C-maxmappingprobabilitytosinglecluster.csv(569KB)
--------.gitkeep(1B)
--------Figure4A-heatmapdata-Vip-IRES-Cre.csv(3KB)
----CONTRIBUTION(1KB)
----man()
--------defineClassMarkers.Rd(1KB)
--------qcPlot.Rd(730B)
--------update_patchseqtools.Rd(267B)
--------compareClusterCalls.Rd(788B)
--------reorder_matrix.Rd(476B)
--------calculatePatchSeqQCMetrics2.Rd(2KB)
--------summarySE.Rd(748B)
----NAMESPACE(222B)
----LICENSE(1KB)
----.Rbuildignore(28B)
----.gitignore(40B)
----R()
--------CCA_wrappers.r(6KB)
--------update.r(209B)
--------QC_wrappers.r(9KB)
----patchseqtools.Rproj(389B)
----DESCRIPTION(876B)
----README.md(3KB)