文件名称：STRetch:从短读测序数据中检测STR扩展的方法
文件大小：1.8MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 15:40:14
Python
更新： STRetch论文现已出版！ 如果使用STRetch，请引用： Dashnow，Harriet，Monkol Lek，Belinda Phipson，Andreas Halman，Simon Sadedin，Andrew Lonsdale，Mark Davis等。 2018年。“拉伸：检测和发现致病性短串联重复序列扩展。” 基因组生物学19（1）：121. 拉紧 从短读测序数据中检测短串联重复序列扩展的方法。 STRetch需要配对的末端读取才能起作用。 它主要用于全基因组测序数据，也可以在外显子组或其他靶向测序数据上运行，尽管大小估计值应谨慎解释。 请参阅《 以获取安装和使用说明。
【文件预览】：
STRetch-master
----.gitignore(136B)
----install.sh(8KB)
----.travis.yml(791B)
----LICENSE(1KB)
----.testing()
--------install-ci.sh(8KB)
--------STRs.benchmark.tsv(424B)
----extra_scripts()
--------reformat_output.py(2KB)
----scripts()
--------estimateSTR.py(20KB)
--------identify_locus.py(13KB)
--------mosdepth_mean_region.py(2KB)
--------generate.STRcov.model.R(5KB)
--------median.awk(183B)
--------TRFdat_to_bed.py(2KB)
--------sort_fasta.py(1KB)
--------STRcov.model.ATXN8_AGC.csv(12KB)
--------dedupSTRannotation.R(2KB)
--------tests()
--------STRcov.model.csv(11KB)
--------mosdepth_median.py(2KB)
--------decoy_STR.py(4KB)
----README.md(1KB)
----environment.yml(374B)
----pipelines()
--------STRetch_exome_pipeline.groovy(494B)
--------pipeline_stages.groovy(9KB)
--------config-examples()
--------extract_fastq.groovy(635B)
--------STRetch_wgs_bam_pipeline.groovy(1KB)
--------STRetch_exome_bam_pipeline.groovy(1KB)
--------STRetch_wgs_pipeline.groovy(458B)