文件名称：NAMD-replica:NAMD 的副本交换工具
文件大小：50KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-28 05:21:44
Python
NAMD-副本 用 Tcl 脚本编写的 NAMD 副本交换驱动程序。 使用这些文件，可以使用二维交换方案执行温度和哈密顿量交换，例如，一个轴上的伞形偏差和另一个轴上的哈密顿量。 除了典型的相邻交换方案外，还实现了部分无限交换 (PINS) 算法。 这些是以下论文中使用的文件： 使用组合温度和哈密顿副本交换分子动力学有效确定相对熵，JCTC (2015)， //dx.doi.org/10.1021/ct501034w
【文件预览】：
NAMD-replica-master
----lambda-temperature()
--------FEP_remd-2d.namd(8KB)
--------fep_mutate-2d.conf(4KB)
----lambda()
--------fep_mutate.conf(2KB)
--------FEP_remd.namd(8KB)
----umbrella-temperature()
--------pins_metro()
--------umbrella2d-npt.namd(8KB)
--------dist.conf(4KB)
--------pins()
----temperature()
--------umbrella.namd(7KB)
--------replica.namd(6KB)
----LICENSE(1KB)
----umbrella()
--------pins_metro()
--------umbrella.namd(7KB)
--------dist.conf(2KB)
--------pins()
----wham()
--------myptwham.py(7KB)
--------mywham.py(4KB)
--------myptwham_pt_grand.py(10KB)
----README.md(603B)