文件名称：repex:用于 OpenMM 的 Python 副本交换模拟工具
文件大小：92KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-19 10:50:46
Python
重复 OpenMM 的副本交换模拟算法。 描述 该包提供了运行副本交换模拟的通用工具，以及用于特殊情况的派生类，例如并行回火（其中状态仅在温度上不同）和哈密顿交换（其中状态仅在势函数上不同）。 模拟使用通用的马尔可夫链蒙特卡罗 (MCMC) 框架，可以轻松混合蒙特卡罗和分子动力学。 提供的课程包括： ReplicaExchange - 指定 ThermodynamicState 对象之间一般副本交换模拟的基类 ParallelTempering - ReplicaExchange 的便捷子类，用于并行回火模拟（一个系统对象，多个温度/压力） HamiltonianExchange - 用于 Hamiltonian 交换模拟的 ReplicaExchange 的便利子类（许多系统对象，相同的温度/压力） 依赖关系 使用该模块需要满足以下条件： Python 2.7 或更高版本：
【文件预览】：
repex-master
----.travis.yml(649B)
----repex()
--------constants.py(111B)
--------netcdf_io.py(20KB)
--------timing.py(3KB)
--------mcmc.py(47KB)
--------utils.py(3KB)
--------dummympi.py(3KB)
--------hamiltonian_exchange.py(3KB)
--------analysis.py(17KB)
--------thermodynamics.py(19KB)
--------__init__.py(2KB)
--------replica_exchange.py(38KB)
--------tests-nose()
--------citations.py(2KB)
--------parallel_tempering.py(10KB)
--------mpinoseutils.py(8KB)
--------version.py(235B)
----LICENSE(7KB)
----devtools()
--------ci()
--------conda-recipe()
--------README.md(902B)
----examples()
--------villin-replica-exchange()
--------ion-discharging-hamiltonian-exchange()
--------alanine-dipeptide-parallel-tempering()
----setup.py(2KB)
----.gitignore(530B)
----README.md(2KB)