文件名称：federated-analysis
文件大小：15.71MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-17 02:36:02
Python
概括 HIPAA要求将病历保密，但科学家需要此数据才能进行研究。 因此，医院和诊所无需共享数据，而可以在该数据上运行软件，并与感兴趣的科学家共享汇总的，汇总的，匿名的结果。 这样，人们的隐私得到保护，科学可以在重要的研究中向前发展。 该软件存储库包含实现上述目标的脚本。 同现分析 运行以下步骤，在VCF文件中查找与BRCA Exchange数据库中的已知致病性变体同时发生的不确定性变体（VUS）。 准备共现 要准备共现分析，请执行以下步骤： 将此github存储库克隆到VCF文件所在的本地系统。 $ git clone https://github.com/BRCAChallenge/federated-analysis 将仅案例的VCF文件的副本放在federated-analysis / data目录中。 $ cp < your> f
【文件预览】：
federated-analysis-master
----app()
--------__init__.py(0B)
--------utils()
--------report()
--------cooccurrence()
--------pathology()
----wdl()
--------cromwell.local.conf(3KB)
--------runMe.sh(907B)
--------myVusCooccur.wdl(2KB)
----data()
--------hgdp_to_gnomad.json(167B)
--------brca-variants.tsv(80.05MB)
--------freeze8_sample_annot_2020-03-03.txt(18.57MB)
--------brca-regions.json(13KB)
--------shuffle.tsv(767KB)
----.dockerignore(76B)
----runMe_nontopmed.sh(4KB)
----runMe.sh(2KB)
----cli.py(592B)
----processFinderResults.sh(2KB)
----README.md(7KB)
----tests()
--------test_conf.json(594B)
--------__init__.py(0B)
--------test_dataAnalyzer.py(3KB)
--------test_data.csv(1KB)
----config()
--------conf.json(2KB)
----runAnalyzer.sh(498B)
----docker()
--------cooccurrence()
--------pathology()