【文件属性】：
文件名称：rrna_validation:ZOO6927 的最终项目 - 系统发育推断方法
文件大小：236KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-09 18:07:24
Ruby
16S rRNA HtS 树
Austin G. Davis-Richardson
这是我为 ZOO6927 - 系统发育推断方法所做的一个实验。 我试图对细菌中 16S rRNA 基因上不同区域的能力进行基准测试，以制作准确的系统发育树。 这是通过为具有全长和截断对齐的随机分类群创建树来实现的。
安装
适用于 Mac OS X 上的 Ruby 1.9。如果您想在 Linux 上运行，则必须为 treedist 和 MUSCLE 提供自己的二进制文件。 如果要在 Windows 上运行，则必须删除 Windows 并安装 Linux。 RAxML 是从源代码编译的。
像这样安装：
$ sudo gem install bundle
$ bundle
$ rake
此时，您应该拥有所有必要的二进制文件和 greengenes 数据库。 您可以通过键入以下内容运行实验：
$ bin
【文件预览】：
rrna_validation-master
----lib()
--------dnaio.rb(818B)
--------misc.rb(2KB)
----Gemfile(55B)
----treedistargs(2B)
----.rvmrc(10B)
----Rakefile(1KB)
----license.md(1KB)
----.gitignore(97B)
----readme.md(1010B)
----bin()
--------ruby_fdistpair.rb(392B)
--------run_experiment.rb(2KB)
--------remove_common_gaps.rb(710B)
--------generate_persite_means.rb(742B)
----supplementary()
--------results.csv(170KB)
--------16Stest.png(33KB)
--------secondary_structure.png(157KB)