文件名称：dna-k-mer:深圳杯 数学建模 B题
文件大小：37.47MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-27 15:48:54
Java
2015 深圳杯 数学建模 B题 随便帮同学做做 TAT，测试数据不全，只有一半50w行 题干: 给定一个DNA序列，这个系列只含有4个字母ATCG 如 S =“CTGTACTGTAT”。 给定一个整数值k，从S的第一个位置开始，取一连续k个字母的短串，称之为k-mer（如k= 5，则此短串为CTGTA）， 然后从S的第二个位置， 取另一k-mer（如k= 5，则此短串为TGTAC），这样直至S的末端，就得一个集合，包含全部k-mer 。 如对序列S来说，所有5-mer为｛CTGTA，TGTAC，GTACT，TACTG，ACTGT，TGTAT｝ 通常这些k-mer需一种数据索引方法，可被后面的操作快速访问。例如，对5 - mer来说，当查询CTGTA，通过这种数据索引方法，可返回其在DNA序列S中的位置为｛1，6｝。 问题 现在以文件形式给定 100万个 DNA序列，序列编号为1-1000
【文件预览】：
dna-k-mer-master
----B题.docx(19KB)
----题中涉及的数据.zip(37.45MB)
----bench.md(140B)
----src()
--------main()
----README.md(2KB)
----pom.xml(2KB)
----.gitignore(45B)