文件名称：atacseq_pipeline:BSF ATAC-seq管道
文件大小：105KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-26 14:02:38
pipeline cromwell atacseq-pipeline Python
ATAC-seq数据处理管道 开发该管道用于处理原始/未对齐的ATAC-seq数据，以生成峰值调用，QC报告和主题发现结果。 管道可以以未对齐的BAM格式处理单端和双端读取。 1-安装 克隆此存储库。 安装required_software.txt列出的软件。 安装适用于MultiQC的atacseq插件： python3 /path/to/atacseq_pipeline/multiqc_atacseq/setup.py install 收集atacseq_config.yaml文件中列出的所有参考数据，并使用正确的路径更新文件。 该文件包含不同项目之间通用的管道配置。 2-运行管道 2.1-设置新的分析/项目 对于每个项目，您需要准备一个项目配置（ .yaml ）文件和一个示例注释表（ .csv ）。 您可以在项目配置文件中设置项目名称，输出路径，基因组版本等。 样本注释表应为每
【文件预览】：
atacseq_pipeline-master
----Dockerfile(2KB)
----README.md(2KB)
----atacseq_config.yaml(2KB)
----required_software.txt(151B)
----configurator.py(6KB)
----backends()
--------LocalExample.conf(7KB)
--------slurm.conf(860B)
----test()
--------BSA_0000_test_atac_atacseq_config.yaml(1KB)
--------BSA_0000_test_atac_atacseq_sample_annotations.csv(429B)
----atacseq.wdl(10KB)
----multiqc_atacseq()
--------setup.py(2KB)
--------LICENSE(1KB)
--------BSF_logo.png(83KB)
--------README.md(86B)
--------atacseq_report()