文件名称:bulk-rnaseq:使用kallisto和DESeq2处理大量RNASeq样品的工作流程
文件大小:9KB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-03-15 20:28:43
Python
批量处理 简单的工作流程即可量化基因水平的RNA丰度并检测大量RNAseq样品中的差异表达基因(DEG)。 管道使用kallisto量化笔录级别的丰度,并使用DESeq2标准化计数和检测DEG。 安装 安装Anaconda或Miniconda,然后conda install snakemake 从下载适当的kallisto参考或自行构建 克隆存储库 在samples.csv描述您的samples.csv 修改config.yaml的设置 (可选)如果计划使用SLURM集群,请在run_pipeline.sh填写#SBATCH指令,并在cluster.json填写out和account字段 (可选)如果要在Singularity环境中运行管道以实现完全可重复性,请安装Singularity。 run_pipeline假定已安装奇点。 如果要使用奇点环境跳过,请删除--use-singul
【文件预览】:
bulk-rnaseq-main
----samples.csv(2KB)
----envs()
--------quant.yml(91B)
--------qc.yml(97B)
--------deseq2.yml(339B)
----run_pipeline.sh(512B)
----scripts()
--------plot_pca.R(347B)
--------diffexp.R(3KB)
--------deseq2.R(2KB)
----cluster.json(750B)
----config.yaml(1KB)
----README.md(3KB)
----Snakefile(5KB)
----.gitignore(77B)