recentrifuge:离心机

时间:2024-05-28 00:07:09
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文件名称:recentrifuge:离心机

文件大小:694KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-05-28 00:07:09

nanopore ngs metagenomics comparative-genomics kraken

宏基因组学的强大对比分析和污染物去除 稳健的比较分析 利用最近的离心机,研究人员可以交互地探索样品中存在哪些生物以及处于何种置信度,从而可以在任何宏基因组学研究中对多个样品进行可靠的比较分析。 最近的离心机使研究人员可以通过使用交互式饼图来分析 , , , Kraken和许多其他分类学分类器的结果,方法是重点放在分类学分类的置信度(得分)上。 最近的分类树的评分分类树的算术支持NCBI分类学的48个分类学等级,包括几个亚特异水平,例如品系或分离株。 除了原始样本的计分图表外,还会针对每个分类标准兴趣生成不同的计分图集,例如每个样本的共享分类单元和专用分类单元。 强大的污染物去除能力 如果研究中有一个或多个阴性对照样品,Norstrifuge还将生成其他减去对照的交互式图,从每个样品和共享的分类单元标本中去除污染物。 新型和强大的污染物去除算法,Norstalrifuge可以检测


【文件预览】:
recentrifuge-master
----MANIFEST.in(110B)
----.travis.yml(220B)
----rextract(13KB)
----.github()
--------issue_template.md(2KB)
----INSTALL.md(5KB)
----recentrifuge()
--------rank.py(7KB)
--------kraken.py(10KB)
--------taxonomy.py(9KB)
--------params.py(714B)
--------taxclass.py(9KB)
--------krona.py(15KB)
--------img()
--------core.py(24KB)
--------lmat.py(8KB)
--------test()
--------ontology.py(1KB)
--------trees.py(36KB)
--------stats.py(7KB)
--------lmat_io.py(5KB)
--------generic.py(12KB)
--------mock.py(7KB)
--------centrifuge.py(9KB)
--------centrifuge_io.py(3KB)
--------fastq_io.py(2KB)
--------__init__.py(2KB)
--------shared_counter.py(3KB)
--------config.py(5KB)
--------clark.py(10KB)
--------krona.js(197KB)
----COPYING.txt(34KB)
----retaxdump(5KB)
----requirements.txt(77B)
----retest(34KB)
----setup.py(4KB)
----.gitignore(655B)
----remock(5KB)
----README.md(5KB)
----rcf(36KB)
----.gitattributes(53B)
----LICENSE.txt(916B)

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