master_thesis:Huy Duc Nguyen和Frederik Platz完成的硕士论文的代码库

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文件名称：master_thesis:Huy Duc Nguyen和Frederik Platz完成的硕士论文的代码库
文件大小：229KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-16 16:44:13
HTML 硕士论文 惠·德·阮（Hay Duc Nguyen）和腓特烈·普拉茨（Frederik Platz） 该存储库包含我们在奥尔堡大学的阿尔伯森实验室（微生物多样性部分）进行的硕士论文的代码库。 论文目的 本文旨在为10.000个光照序列浅层基因组的分类学分类和ARG挖掘建立一条流水线。 此外，它的目的是通过在170个农业样本中使用该管道来提供农业元数据。 通过在WWTP样本上测试各种工具来建立管道。 对这些进行了评估，有的则被丢弃。 剩下的工具可用于约500个来自丹麦微生物群落（MFD）的样品，并选择了分类分类器和ARG采矿工具的最终选择。 最后 资料夹结构 文件夹结构的描述。 WWTP_Sequences 通过在WWTP样本上测试各种工具来建立管道。 然后对它们进行评估，并丢弃其中的一些。 此文件夹包含用于此分析的代码 菌群 剩下的工具可用于约500个来自丹麦微生物群落（MFD）的样品

【文件预览】：
master_thesis-master
----WWTP_sequences()
--------ClassificationOutputToAmpvis()
--------ArgOutputToAmpvis()
--------analysis()
--------CustomDatabases()
--------TaxonomicClassification()
--------trimming()
----microflora_danica()
--------kaiju_corekaiju()
--------graftm()
--------script_main.sh(6KB)
----README.md(1KB)