文件名称：rna-seq-pipeline
文件大小：254.41MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 09:13:41
Python
编码RNA-seq管道 概述 这是ENCODE-DCC RNA测序管道。 流水线的范围是对齐读取，生成信号轨迹以及量化基因和同工型。 安装 安装说明 如何 如何指导 输入 管道描述 输出值 管道说明 参考 参考
【文件预览】：
rna-seq-pipeline-master
----.dockerignore(40B)
----.flake8(40B)
----output_definition.json(10KB)
----workflow_opts()
--------docker.json(312B)
--------singularity.json(115B)
----rna-seq-pipeline.wdl(11KB)
----test_env_requirements.txt(52B)
----src()
--------prep_star.sh(2KB)
--------prep_rsem.sh(2KB)
--------mad_qc.py(2KB)
--------__init__.py(0B)
--------merge_annotation.py(4KB)
--------align.py(11KB)
--------rna_qc.py(4KB)
--------test()
--------MAD.R(2KB)
--------prep_kallisto.sh(146B)
--------kallisto_quant.py(9KB)
--------prep_srna.sh(1KB)
--------bam_to_signals.py(4KB)
--------rsem_quant.py(4KB)
--------compare_md5.py(4KB)
----transcript_id_to_gene_type_mappings()
--------gencodeV29pri-UCSC-tRNAs-ERCC-phiX.transcript_id_to_genes.tsv(6.51MB)
--------gencodeV24pri-tRNAs-ERCC-phiX.transcript_id_to_genes.tsv(6.22MB)
--------gencodeM21pri-UCSC-tRNAs-ERCC-phiX.transcript_id_to_genes.tsv(5.27MB)
----Dockerfile(2KB)
----.circleci()
--------config.yml(9KB)
----annotations_and_spikeins()
--------gencode.v19.tRNAs.gtf.gz(13KB)
--------gencode.v19.annotation.gtf.gz(35.34MB)
--------gencode.vM7.tRNAs.gtf.gz(543KB)
--------ENCFF824ZKD_gencodeV24pri-tRNAs-ERCC-phiX.gtf.gz(39.53MB)
--------gencode.vM7.annotation.gtf.gz(22.31MB)
--------ENCFF001RTP_spikes_ENCFF335FFV_spikes.fasta.gz(29KB)
--------gencode.vM7.trna.ercc.phix.gtf.gz(22.84MB)
--------ENCFF871VGR_gencodeM21pri-UCSC-tRNAs-ERCC-phiX.gtf.gz(26.23MB)
--------ENCFF159KBI_gencodeV29pri-UCSC-tRNAs-ERCC-phiX.gtf.gz(37.6MB)
--------gencode.v19.trna.ercc.phix.gtf.gz(35.37MB)
----make_index_wdl()
--------build_genome_index.wdl(2KB)
--------merge_anno.wdl(1KB)
----.isort.cfg(193B)
----LICENSE(1KB)
----test()
--------cromwell_options.json(153B)
--------test_task()
--------test_workflow()
--------caper_run.sh(404B)
----README.md(1KB)
----.pre-commit-config.yaml(709B)
----test_data()
--------rep1_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads_part2.fastq.gz(291KB)
--------ERCC_phiX.fa.gz(29KB)
--------ENCSR653DFZ_rep1_chr19_10000reads_R1.fastq.gz(863KB)
--------GRCh38_no_alt_analysis_set_GCA_000001405.15_onlychr19.fa.gz(15.51MB)
--------rep1_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads.fastq.gz(590KB)
--------ENCSR653DFZ_rep2_chr19_10000reads_R2.fastq.gz(854KB)
--------rep1_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads_part1.fastq.gz(300KB)
--------ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R2.fastq.gz(700KB)
--------ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R1.fastq.gz(584KB)
--------ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R1_part1.fastq.gz(298KB)
--------ENCSR653DFZ_rep2_chr19_10000reads_R1.fastq.gz(867KB)
--------GRCh38_EBV.chrom.sizes(11KB)
--------ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R2_part1.fastq.gz(355KB)
--------rep2_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads_part1.fastq.gz(313KB)
--------gencodeV24pri-tRNAs-ERCC-phiX_onlychr19_and_spikeins.gtf.gz(2.33MB)
--------Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.chr19_ERCC_phix.fa.gz(3.31MB)
--------ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R2_part2.fastq.gz(345KB)
--------ENCSR653DFZ_rep1_chr19_10000reads_R2.fastq.gz(847KB)
--------GRCh38_v24_ERCC_phiX_rsemIndex_chr19only.tgz(10.13MB)
--------rep2_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads.fastq.gz(617KB)
--------rep2_ENCSR510QZW_chr19only_10000_reads_part2.fastq.gz(304KB)
--------ENCSR142YZV_chr19only_10000_reads_R1_part2.fastq.gz(287KB)
----docs()
--------howto.md(10KB)
--------installation.md(3KB)
--------reference.md(21KB)
----.gitignore(1KB)