gespeR:基因特异性表型估计

时间:2024-05-24 09:59:55
【文件属性】:

文件名称:gespeR:基因特异性表型估计

文件大小:24.35MB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-05-24 09:59:55

R

gespeR:基因特异性表型估计 gespeR是一种新型模型,可从脱靶的混杂RNAi筛选中评估基因特异性表型。 将观察到的每个siRNA的表型建模为来自目标外基因和所有目标外基因的基因特异性表型的加权线性组合。 这种反卷积方法可产生高度可再现的表型,这对于siRNA筛选数据的无偏分析至关重要。 参考: F* Schmich,Ewa Szczurek,Saskia Kreibich,Sabrina Dilling,Daniel Andritschke,Alain Casanova,Shyan Huey Low,Simone Eicher,Simone Muntwiler,Mario Emmenlauer,Pauli Ramo,Raquel Conde-Alvarez,Christian von Mering,Wolf-Dietrich Dethh Hardt和Niko Beeren


【文件预览】:
gespeR-master
----man()
--------stability.selection.Rd(1KB)
--------annotate.gsp-methods.Rd(972B)
--------plot.gespeR.Rd(475B)
--------values-methods.Rd(933B)
--------target-relations-methods.Rd(627B)
--------rbo.Rd(1KB)
--------sub-TargetRelations-ANY-ANY-ANY-method.Rd(726B)
--------gespeR-package.Rd(3KB)
--------sub-Phenotypes-ANY-ANY-ANY-method.Rd(696B)
--------as.data.frame.concordance.Rd(405B)
--------c-Phenotypes-method.Rd(880B)
--------gespeR-class.Rd(3KB)
--------plot.Phenotypes.Rd(599B)
--------path-methods.Rd(749B)
--------TargetRelations-class.Rd(1KB)
--------join-methods.Rd(930B)
--------simData.Rd(1KB)
--------scores-methods.Rd(769B)
--------plot.concordance.Rd(700B)
--------as.data.frame-Phenotypes-method.Rd(643B)
--------stabilityfits.Rd(398B)
--------concordance.Rd(2KB)
--------stability-methods.Rd(1KB)
--------lasso.rand.Rd(993B)
--------Phenotypes-class.Rd(2KB)
--------trmatrix-methods.Rd(1KB)
--------na.rem-methods.Rd(695B)
--------.Rapp.history(0B)
--------gspssp-methods.Rd(770B)
--------dim-Phenotypes-method.Rd(509B)
----.gitignore(73B)
----README.md(3KB)
----vignettes()
--------gespeR.toc(219B)
--------gespeR.pdf(183KB)
--------gespeR-concordance.tex(183B)
--------gespeR.synctex.gz(30KB)
--------gespeR.Rnw(7KB)
--------gespeR.log(21KB)
--------tmp()
--------workflow()
--------gespeR.tex(16KB)
----DESCRIPTION(1KB)
----inst()
--------extdata()
--------example()
----R()
--------gespeR-methods.R(12KB)
--------Phenotypes-class.R(8KB)
--------gespeR-package.R(2KB)
--------TargetRelations-class.R(4KB)
--------gespeR-generics.R(5KB)
--------gespeR-class.R(9KB)
--------gespeR-concordance.R(10KB)
--------gespeR-functions.R(8KB)
----data()
--------stabilityfits.RData(1016KB)
----NAMESPACE(1KB)

网友评论