文件名称：biostructmap:用于将序列比对数据映射到蛋白质结构的Python软件包
文件大小：1.08MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 08:05:39
Python
生物结构图 Biostructmap是一个Python工具，用于将序列比对的数据（例如多态性的位置）映射到蛋白质结构上。 此外，生物结构图允许将残基的空间邻近性纳入滑动窗口计算中，并可用于将蛋白质结构信息纳入选择压力的遗传测试中。 尽管Python软件包更灵活并且可能更快，但提供基于Web的界面。 目录 入门 使用范例 计算半径内多态残基的比例 一个简单的使用案例可能是鉴定具有高百分比多态性残基的蛋白质区域。 如果我们可能对抗体-抗原相互作用感兴趣，那么15埃是一个可以平均的合理半径。 import biostructmap # Initialise structure object structure = biostructmap.Structure('1zrl.pdb', 'test_pdb_name') # The location of known polymorphi
【文件预览】：
biostructmap-master
----MANIFEST.in(150B)
----README.rst(10KB)
----CONTRIBUTING.rst(1000B)
----LICENSE.txt(1KB)
----.pylintrc(12KB)
----requirements.txt(123B)
----USAGE_INSTRUCTIONS.md(27KB)
----setup.cfg(40B)
----setup.py(2KB)
----CHANGES.txt(2KB)
----tests()
--------msa()
--------fasta()
--------__init__.py(0B)
--------test_biostructmap.py(44KB)
--------pdb()
----.gitignore(858B)
----environment.yaml(367B)
----biostructmap()
--------gentests.py(12KB)
--------pdbtools.py(14KB)
--------seqtools.py(23KB)
--------biostructmap.py(42KB)
--------protein_tests.py(2KB)
--------__init__.py(526B)
--------population_stats.py(3KB)
--------map_functions.py(19KB)