文件名称：ABEEMσπ/MM模型中静电相互作用能的并行化 (2009年)
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更新时间：2024-05-17 05:36:28
自然科学 论文
ABEEMσπ/MM模型程序中,计算静电相互作用能非常耗费机时。针对原串行程序中多个循环相互嵌套的求解部分,进行循环带状划分并行化处理。经测试表明,利用新编制的并行程序进行动力学模拟,并行加速比以线性趋势提高、求解静电相互作用能速度大幅度加快、尤其是针对原子数较多的分子体系效果比较理想。利用36个CPU,对于位点数为10000左右的蛋白质体系,进行1ns的动力学模拟,至少可以节省1年左右的时间,明显地提高了研究蛋白质体系性质的效率。