细胞形状分类器:基于细胞形状的二维细胞延时显微镜分类(Seiler et al., TERM, 2012)-matlab开发

时间:2024-06-19 10:37:55
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文件名称:细胞形状分类器:基于细胞形状的二维细胞延时显微镜分类(Seiler et al., TERM, 2012)-matlab开发

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更新时间:2024-06-19 10:37:55

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使用定制的图像处理管道对细胞进行分割。 实施分割管道是为了将细胞与背景区分开来。 分割管道由按以下顺序的标准图像处理操作组成:1、原始图像; 2、Sobel边缘检测; 3、图像膨胀; 4、去除靠近图像边界的物体; 5、形象侵蚀; 6、去除小物件; 7、填充细胞内部的空隙; 8、最终结果叠加在原图上。 从每个分割的细胞中提取七个形态特征。 因此,我们执行统计分类的特征空间是七维(7D;每个单元格一个向量),具有以下特征:面积、长轴和短轴长度、周长、偏心率、范围和手指数量(Gorelick,帕米,2006 年)。 使用一种称为“节点收获”方法的树状分类方法对 7D 特征向量进行统计分析,该方法由 Meinshausen,Annals of Applied Statistics,2010 年引入。


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CellShapeClassifier.zip

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