文件名称：biomap-public-data-extraction:记录公共数据的数据提取，以分析与湿疹和牛皮癣有关的组学数据集
文件大小：116KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-21 18:54:08
R
BIOMAP分析的公开可用数据 为了增加可用于分析的样本数量，将检查包含公开可用数据的数据库。 其中包括： ， ，和 。 下面介绍了这些数据库的查询，这些查询的结果以及要下载的数据。 注意： Antonio等。 还对公开可用的数据集进行了搜索，并对数据进行了处理，如下文所述：。 可以在以下位置找到策划的数据： : 。 这些数据只是转录组的。 土力工程处 最后搜索日期：2021-04-01 搜索中使用了两个脚本： 此脚本涉及 R软件包以提取数据并进行预过滤。 它产生文件： 和 。 注释和代码应清楚说明如何提取数据。 此脚本获取从生成的数据，并手动编辑任何需要澄清或无法使用直接提取的。 可以在找到已鉴定的研究。 注意：仅发现牛皮癣数据。 ArrayExpress 上次搜索的日期：2021-03-04 笔记： 已对R包进行了测试，但与网站（上次测试2021-03-04
【文件预览】：
biomap-public-data-extraction-main
----.gitignore(33B)
----data()
--------ArrayExpress-Experiments-210329-151655.txt(470B)
--------all-cleaned-study-data.xlsx(8KB)
--------messy-geo-study-data.tsv(5KB)
--------BIOMAP_publicdata_UTA.xlsx(58KB)
--------arrayexpress.xlsx(37KB)
--------ArrayExpress-Experiments-210329-151359.txt(766B)
--------subset-cleaned-study-data.xlsx(9KB)
--------geo-pheno-data.RData(3KB)
----scripts()
--------search-arrayexpress.R(818B)
--------search-geo.R(5KB)
--------edit-geo-study-data.R(4KB)
----readme.md(6KB)